Ataque de Pain

Kakashi derrotado por Pain.

Quando o líder da Akatsuki, Pain, atacou Konoha em busca de Naruto, Kakashi confrontou o Caminho Deva de Pain, depois de perceber o ataque inicial. Ele salvouIruka Umino da morte certa, mas foi dominado pelo Shinra Tensei do Caminho Deva, repelindo todos os ataques de Kakashi. Quando o Caminho Asura chega para ajudar o Caminho Deva, Kakashi foi forçado a entrar na defensiva, até que ele tem reforços deChōji Akimichi e Chōza Akimichi. Depois de descobrir os poderes do Caminho Deva, Kakashi tem um plano, e tem a ajuda de Chōji e Chōza nesse plano para derrubar o Caminho Deva. Quase conseguiu, mas o caminho Asura usou-se como escudo, permitindo que o Caminho Deva continuasse ativo, derrotando todos eles. Acreditando que todos eles estavam mortos, o Caminho Deva saiu. Quando voltou a si, Kakashi enviou Chōji para contar à Tsunade sobre as habilidades do Caminho Deva. Mas, quando Chōji estavam saindo, o Caminho Asura se recupera e lança um míssil contra ele. Apesar de saber que ele estava quase sem chakra, e provavelmente iria morrer se ele usasse o Sharingan novamente, Kakashi usou oKamui absorvendo o míssil e salvando Chōji.

Kakashi conservando com seu pai, após sua morte.

Tendo gasto o resto de seu chakra, Kakashi morreu, e sua alma deixou seu corpo. Ele lamentou sobre como ele falhou em proteger Rin e logo se viu em uma fogueira com seu falecido pai, Sakumo, a quem ele conta sua história de vida, a pedido de seu pai. Quando Pain destruiu Konoha inteiramente, o corpo de Kakashi foi protegido poi uma parte da Katsuyu.

Kakashi ao ser ressuscitado.

Depois de terminar a recontagem de sua vida, ele declarou que ele finalmente entendeu por que seu pai tinha escolhido salvar seus amigos e agora estava orgulhoso dele por isso. A conversa foi interrompida quando um raio de luz brilhou sobre Kakashi, como resultado do Caminho Exterior: Técnica da Vida Celestial de Saṃsāra. Antes de ver seu filho partir, Sakumo agradeceu à Kakashi, e declarou que ele iria agora ser capaz de se juntar à sua esposa. Kakashi então acordou no campo de batalha de Konoha, deixando Chōji chocado. Quando Kakashi perguntou o que aconteceu, uma parte da Katsuyu explicou-lhe a série de eventos que ocorreram. Após a invasão chegar ao fim, Kakashi buscou Naruto e o trouxe de volta para uma grande festa de boas-vindas em Konoha. Lá, ele elogiou Naruto por finalmente atingir seu objetivo de ser aceito e apreciado por toda a aldeia.