Prólogo — País das Ondas

A série começa mostrando Naruto como um estudante da academia e um considerado cabeça oca e fracassado por quase todos que o conhecem. Decepcionado por o único da sua classe a não se tornar um genin e de não conseguir continuar seu sonho para se tornar um Hokage, Naruto foi abordado por um de seus instrutores,Mizuki. Mizuki disse a Naruto que, se ele quisesse poderia roubar o Pergaminho do Primeiro Hokage na Residência do Hokage e aprender os diversos jutsu escritos nele. Naruto faz isso, e é procurado por vários shinobi da aldeia.

Iruka salvando Naruto.

Iruka pensou e descobriu que quem estava realmente atrás desse roubo era Mizuki, percebendo que Naruto tinha sido enganado por Mizuki, que pretendia roubar esse pergaminho. Iruka finalmente encontra Naruto em um bosque, e Mizuki aparece dizendo a Naruto que ele possuía dentro de si a Kyūbi no Yōko, alegando que Iruka o odiava por isso (já que o Nove-Caudas matou os pais de Iruka). Mizuki ataca Naruto, mas esse é protegido por Iruka, e esse ato faz Naruto perceber que as palavras a respeito de Iruka eram mentira. Com raiva de Mizuki, Naruto cria vários clones com a Técnica dos Múltiplos Clones da Sombra e consegue derrotar Mizuki. Por ter conseguido dominar essa técnica muito difícil e por ter mostrado coragem, Iruka gradua Naruto como um genin, o que deixa esse muito feliz.

Naruto durante Naruto Clássico.

Nos próximos dias, Naruto torna-se amigo de Konohamaru Sarutobi e se tornou seu professor, mostrando-lhe como executar uma variedade de jutsu pervertidos e úteis em todo o resto da série. Ele também foi atribuído ao Time 7, onde fez parceria com Sasuke Uchiha e Sakura Haruno, sob a liderança de Kakashi Hatake.

Como a primeira ordem da equipe de negócios, Kakashi deu-lhes um teste para ver se eles estavam prontos para se tornar Genin. Naruto, Sasuke e Sakura tinham que tirar dois sinos que Kakashi manteve em sua pessoa, sendo o objetivo do teste colocar o trabalho em equipe acima do fato de que nem todos poderiam ter um sino. Embora inicialmente eles falharam miseravelmente, já que todos tentaram de forma independente para ter um sino, no final, eles decidiram trabalhar em conjunto, permitindo-lhes passar.

Depois de completar uma série de simples missões sem intercorrências, o Time 7, com a insistência de Naruto, foi atribuído a um tarefa um pouco mais difícil de nível C: escoltar Tazuna ao País das Ondas. Quando eles foram atacados pelos Irmãos Demônios ao longo do caminho, que tentaram matar Tazuna, eles perceberam que havia algo mais nesta missão do que um simples escoltamento. Tazuna revela que seu país estava sob o controle deGatō, que tinha deixado as pessoas pobres e incapazes de suportar o pagamento, tornando a missão em rank-A. Ao construir uma ponte que ligaria o País das Ondas para o continente, Tazuna esperava livrar o país de Gatō, por isso Gatō estava contratando criminosos para matar Tazuna. O Time 7 decidiu ajudar Tazuna, e atuam como seus seguranças até a ponte ser concluída. Eles foram logo atacados por Zabuza Momochi, outro dos assassinos de Gatō, e que levou Kakashi à uma batalha. Quando Zabuza capturou Kakashi, ele encorajou sua equipe a escapar com Tazuna. Tendo sido de pouco uso, durante a batalha contra os Irmãos Demônio, Naruto resolveu ajudar Kakashi. Com a ajuda de Sasuke, eles foram capazes de libertar Kakashi, que por sua vez, quase derrotou Zabuza. No entanto, Haku, disfarçado como um Oinin, interveio, e apareceu para matar Zabuza primeiro, na realidade só colocá-lo em um estado de morte a fim de levá-lo com segurança. Kakashi suspeita de que Zabuza ainda estava vivo, e levou o Time 7 para praticar a subir numa árvore usando o chakra nos pés para melhorar seu controle de chakra. Naruto e Sasuke desenvolveram um grande concurso de tempo sobre o exercício, cada um determinado a completar primeiro que o outro e, posteriormente, motivando uns aos outros para fazer melhor.

Enquanto Naruto estava descansando de um dia de treinamento, ele encontrou Haku, sem saber que era o mesmo rapaz que havia encontrado antes. Os dois tiveram uma conversa sobre os que eram preciosos para eles, e os comprimentos que iria protegê-los. Depois de Haku sair, Naruto terminou o treino, mas ficou tão cansado que o resto do time 7 lhe permitia descanso no dia seguinte, quando foi para escoltar Tazuna. Quando ele acordou, passou a ajudá-los, apenas para descobrir que eles estavam no meio da batalha contra Zabuza e Haku.

Naruto usando o chakra da Kyūbi para derrotar Haku.

Naruto foi ajudar Sasuke em sua batalha com Haku, mas ambos foram presos peloEspelhamento Demoníaco dos Cristais de Gelo de Haku. Quando Haku tentou usar uma saraivada de agulhas para matar Naruto, Sasuke entrou em cena para protegê-lo, ficando aparentemente em um estado de morte. Furioso com a aparente morte de Sasuke, Naruto liberou seu chakra da Kyūbi, permitindo-lhe destruir os espelhos de gelo e, posteriormente, derrotar Haku. Antes que ele pudesse matar Haku, no entanto, a máscara que ele estava usando quebrou, revelando o rosto do menino que Naruto havia encontrado anteriormente. Naruto parou o ataque, mas Haku pediu para ele deveria terminar o trabalho, já que ele já não podia ser de utilidade para Zabuza. Embora Naruto tentasse convencer-lo, Haku, no último minuto foi ajudar Zabuza. Quando Naruto percebeu o que tinha acontecido - que Haku tinha dado sua vida para salvar Zabuza ingrato - Naruto indignado repreendeu Zabuza por não perceber as ações de Haku. Tocado por suas palavras, Zabuza matou Gatō se arrependendo em um esforço para fazer justiça pela morte de Haku, mas morreu dos seus ferimentos. A ponte (agora chamada a Grande Ponte Naruto) foi concluída, e o País das Ondas foi salvo, então o Time 7 (com Sasuke recuperado) voltou para casa.