Missão de Repressão da Akatsuki

Enquanto se recuperava, o Time Kakashi, liderado por Yamato, vai em uma missão para tentar encontrar Sasuke. Quando eles voltam da missão, que falhou, Kakashi se oferece para ajudar Naruto a criar uma nova técnica para fazê-lo mais bem preparado para seu próximo encontro com Sasuke. Usando a técnica de múltiplos clones, Naruto poderia reduzir a quantidade de tempo necessário para treinar e dominar a nova técnica que poderia potencialmente fazer Naruto superar até mesmo Kakashi.

Kakashi e o Time 10 criando um plano contra os inimigos Kakuzu e Hidan.

O treinamento de Kakashi para Naruto revela para ensinar à Naruto a dominar seu chakra elemento natural (o que acabou por ser o Vento) e combiná-lo com o Rasengan, para criar um jutsu final que nem mesmo Kakashi ou o Quarto Hokage poderia terminar. Depois de ouvir que Asuma Sarutobi havia sido morto em uma batalha com a Akatsuki, Kakashi decidiu levar o Time 10 para vingar a morte de Asuma, como Naruto já tinha avançado em seu treinamento para além do que necessitam da assistência de Kakashi. Ele deixou Yamato encarregado de supervisionar o treinamento de Naruto, enquanto ele e Shikamaru formam um plano de ataque.

Kakashi destrói um dos corações de Kakuzu.

Quando localizaram Hidan e Kakuzu, membros da Akatsuki, Shikamaru distraiu os dois, dando Kakashi a oportunidade de atacar Kakuzu com um Corte Relâmpago. Embora bem sucedido, descobriu-se que Kakuzu tinha um total de cinco corações, um dos quais (o coração da terra) Kakashi já tinha destruído. Consciente de que a dupla da Akatsuki eram aparentemente imparável quando juntos, a equipe decidiu separá-los, com Kakashi entregando uma cápsula cheia de sangue de Kakuzu à Shikamaru, que ia lidar com Hidan. Kakashi depois de escapar do contra-ataque de Kakuzu, Hidan, quando, inadvertidamente, destruiu o coração de seu parceiro com sua técnica amaldiçoada.

Enquanto Hidan é derrotado por Shikamaru, Kakuzu decide tomar os corações de Kakashi e dos restantes membros do Time 10 para substituir os que ele perdeu, com três corações restantes intactos. No exato momento, Naruto e o resto do Time Kakashi veio em seu auxílio. Usando sua nova versão Liberação de Vento: Rasenshuriken, Naruto foi capaz de matar um dos corações de Kakuzu, deixando Kakuzu derrotado. Isso deu a Kakashi a oportunidade de finalmente matar de vez o membro da Akatsuki com outro Corte Relâmpago. Kakuzu se perguntou como ele poderia ter sido derrotado pelos gostos deles, Kakashi disse a ele antes de matá-lo que a próxima geração irá superar sempre a atual.