Missão de Resgate do Kazekage

Com o Time 7 efetivamente dissolvido, Kakashi passou os dois anos e meio melhorando ainda mais suas capacidades para se preparar para a batalha inevitável com Akatsuki. Após o retorno de Naruto para a aldeia, Kakashi recebeu de Naruto a mais nova edição da série Icha Icha. Depois, Kakashi fez Naruto e Sakura passar por outro teste de sinos, com o objetivo verdadeiro de eles capturarem os sinos, para ver o quanto eles melhoraram. Quando eles foram incapazes de chegar perto o suficiente de Kakashi, Naruto e Sakura recorreu para tentar estragar o enredo do mais recente romance de Icha-Icha, jogando Kakashi desprevenido e permitindo-lhes tomar os sinos.

Kakashi atacando Itachi com o Corte Relâmpago.

Quando a notícia de que Gaara havia sido sequestrado pela Akatsuki, o Time Kakashi foi enviado para resgatar Gaara. Após a chegada em Sunagakure, eles se agrupam comChiyo antes de seguir caminho até o esconderijo da Akatsuki. Ao longo do caminho, eles encontraram Itachi. Kakashi foi capaz de lutar no mesmo terreno nesta batalha, mas observou que o desempenho de Itachi não era o que foi da última vez que eles se encontraram. Com uma manobra bem-cronometrada, Kakashi foi capaz de enganar e reprimir Itachi, dando à Naruto a abertura necessária para terminar a luta com suaGrande Bola da Esfera Espiral. Depois, eles descobriram que Itachi era apenas um sósia. Eles, então, reuniram-se com o Time Guy, que foi enviado como ajuda para o Time Kakashi, fora de um covil da Akatsuki. Porque havia uma barreira sobre a entrada, o Time Guy foi forçado a se separa para derrubar a barreira. Isto permitiu o Time Kakashi se infiltrar no covil, onde encontraram Sasori, Deidara e Gaara.

Naruto e Kakashi perseguindo Deidara.

Deidara voou com o corpo de Gaara, sendo perseguido por Naruto e Kakashi, deixando Sasori para Chiyo e Sakura. Ao perseguir Deidara, Kakashi tentou usar seu novoMangekyō Sharingan e sua capacidade Kamui em uma tentativa de remover sua cabeça, mas seu objetivo era fraco e ele só foi capaz de cortar um braço. No entanto, Naruto foi capaz de recuperar Gaara. Naruto, com sucesso, quase foi alvo do Clone Bombardeio Suicida, que Deidara usou para escapar. Kakashi usou o Kamui novamente para se livrar da explosão, poupando Time Guy, que estava nas proximidades. Chiyo dá sua vida para reviver Gaara e após a morte dessa, o Time Kakashi e Guy voltam à Konoha. Por causa do uso excessivo do Kamui, Kakashi teve que ser carregado nas costas de Guy, para o desgosto do resto dos dois times, exceto para Lee que se ofereceu para fazer o mesmo com Neji. Depois Kakashi fica de cama por uma semana.